Profesional desde 2002, cosechó sus primeros éxitos deportivos un año antes cuando se impuso se impuso, en la modalidad de dobles, en el campeonato de jóvenes promesas de Trani. En 2002, alcanzó los cuartos de final en el Challenger de Roma y, en dobles, debutó en torneo ATP de Palermo.
En 2003, el jugador italiano se clasificó para los trofeos ATP de Kitzbuhel y Bucarest, además de disputar la final en el Challenger de Oberstaugen y adjudicarse el trofeo jóvenes promesas de Munich. En ese mismo año disputó también su primer Masters Series en la modalidad de dobles.
Su primer participación en un Grand Slam aconteció en 2004, concretamente en el US Open. Llegó en esa misma temporada a los cuartos de final en Palermo y a la segunda ronda en Kitzbuhel y Halle.
En dobles, disputó los cuartos de final en los campeonatos de Milán y Palermo, y la final en el Challenger de Reggio Emilia. Además ese año fue convocado para jugar con su país la eliminatoria de Copa Davis ante Georgia.
En 2005, Andreas Seppi continuó con su progresión, lenta pero firme, dentro del circuito internacional consiguiendo alcanzar por primera vez las semifinales de un torneo ATP, concretamente el de Palermo.
Abrió la temporada alcanzando la segunda ronda en Milán y debutó en el Masters Series de Miami. Participó también en Wimbledon y llegó a los cuartos de final en Hamburgo.
El italiano acabó su primera temporada con veinte victorias a la vez que alcanzó dos semifinales ATP en 2006. Comenzó el año logrando unos cuartos de final en Adelaida, con triunfo sobre Pashanski y Blake antes de caer frente a Malisse. La siguiente semana, llegó a la segunda semifinal de su carrera, en Sydney, donde perdió con Andreev, antes de haber vencido por segunda vez en su carrera a un Top 10 como Leyton Hewitt.
En Zagreb llegó a cuartos de final donde perdió con Henman, y una semana después alcanzó la semifinal del Challenger de Bergamo, perdiendo ante Bogdanovic. A mitad de febrero alcanzó el ranking más alto de su carrera, el 51 lo que celebró llegando a semifinales en el challenger de Sunrise y los cuartos de Valencia. Sobre hierba, logró un record de 5-3, incluyendo la semifinal de Nottingham, donde perdió con Bjorkman después de ganar a Hrbaty y Murray. Su final de temporada fue desastroso, con una sola victoria en ocho partidos. En dobles, fue finalista en Zagreb formando pareja con Sanguinetti.
El italiano ganó 22 partidos y terminó en el Top 75 por tercer año destacando su entrada por primera vez en una final ATP. Empezó con una marca de tres victorias frente a ocho derrotas siendo su mejor resultado el llegar a finalista del torneo de Sunrise.
No volvió a ganar dos partidos consecutivos hasta julio cuando llegó a su primera final ATP en Gstaad al caer en tres sets ante Mathieu.
Llegó a cuartos en Kitzbuhel. En octubre, llegó a su primera semifinal europea de ATP en Viena, donde perdió ante Djokovic.
Acumuló marcas de 10 victorias sobre siete en tierra batida, 10 sobre 12 en superficie dura y 2 sobre 3 en césped.