En 1998 participó en cuatro torneos, destacando en la final del Jóvenes Promesas de Argentina en el mes de octubre.
Al año siguiente jugó seis torneos de Jóvenes Promesas, llegando a semifinales en Argentina y a cuartos de final en Italia.
En el 2000 jugó un total de 18 torneos durante la temporada (Jóvenes Promesas, Challenger y ATP) y solo cayó en primera ronda en uno de ellos. Comenzó la temporada con éxitos en los torneos de Jóvenes Promesas de Sudamérica, logrando un registro de 18-3. Ganó el título en Chile y Argentina y llegó a la final en otro torneo argentino y a semifinales en Chile.
Se clasificó por primera vez en su carrera para un torneo del Grand Slam, Roland Garros, donde venció al francés Llodra en la primera ronda y cayó ante Ferreira en la segunda. Finalizó la temporada en tierra batida ganando sus últimos cuatro Challenger en la Copa Ericsson en Lima, Sao Paulo, Montevideo y Buenos Aires. Se clasificó para tres de cuatro torneos ATP en ese año (Mallorca, Roland Garros y Kitzbuhel).
En 2001 mejoraron sus números por cuarto año consecutivo al lograr su primer título ATP en Viña del Mar eliminando a su compatriota Gaudio. Llegó a la final de Mallorca así como a semifinales del AMS de Montecarlo, donde cayó ante el campeón Gustavo Kuerten, y en Kitzbuhel. Se perdió los tres últimos meses de la temporada por una lesión en su pulgar izquierdo debido a una herida sufrida en su casa el 20 de agosto.
Recuperado de su lesión, finalizó el año 2002 entre los 50 mejores por segundo año consecutivo. Ganó dos títulos Challenger y se metió en la tercera ronda de Roland Garros y del OPEN USA. En el Challenger de Miami Beach llegó a segunda ronda y la semana siguiente ganó a Balcells y Costa en el AMS de Miami antes de perder ante Johansson en la tercera ronda.
En tierra batida se metió en semifinales en Houston donde cayó derrotado ante el campeón, Roddick, en tres sets. En su tercera participación en Roland Garros, llegó hasta la tercera ronda después de derrotar a Sargsian y Schuettler pero cayó ante el que sería finalista, Ferrero.
Regresó al circuito Challenger la semana siguiente y ganó el título en Prostejov. Dos semanas más tarde ganó su segundo título Challenger del año en Lugano. En las pistas de cemento de Estados Unidos se clasificó para el AMS de Cincinnati y llegó a segunda ronda donde perdió contra Agassi.
También logró llegar a la tercera ronda en Washington. En septiembre, se metió en la final del Costa Do Sauipe pero perdió ante Kuerten en el tercer set por tie-break. Consiguió un registró de 13-8 en pista dura y de 9-7 en tierra batida.
Finalizó el año 2003 como el mejor jugador de Sudamérica y en la lista de los diez mejores tenistas.
Se clasificó para su primer Master en dobles con su compatriota David Nalbandian y se convirtieron en el primer dúo argentino que disputaba el campeonato desde 1982 cuando lo hicieron José Luis Clero y Guillermo Vilas.
Completó su mejor temporada logrando cinco títulos ATP en siete finales tras ganar 60 partidos. Fue el primer argentino en ganar cinco títulos en una temporada desde Vilas, que cosechó siete, y Clerc, con cinco, en el año 1982. También llegó a ser el primer argentino en terminar el año entre los cinco mejores tenistas desde 1982 cuando Vilas fue cuarto.
Fue uno de los tenistas más constantes en el Top 100 perdiendo solo en tres ocasiones en la primera ronda en los 20 torneos disputados y llegó a semifinales, como mínimo, en once ocasiones.
Acumuló un registro de 32-11 en el primer semestre del año, destacando por su participación en el Master Series ATP al conseguir el título en Hamburgo en el mes de mayo, derrotando a otros dos argentinos: Gaudio en semifinales y Calleri en la final. Se convirtió en el tenista argentino con más triunfos desde Vila en 1978.
Consiguió un registro de 20-6 en los partidos de los torneos AMS durante el año 2003. Abrió la temporada llegando a semifinales en Auckland y a cuarta ronda en el Open de Australia. Además se metió en la tercera ronda en el AMS de Indian Wells, donde perdió ante Hewitt, y cayó ante Costa en la cuarta ronda del AMS de Miami, en los dos casos en tres sets. Llegó a la final en Buenos Aires donde le derrotó Moyá y en el AMS de Montecarlo perdiendo ante Ferrero.
Después de ganar el título en Hamburgo, logró por primera vez el pase a semifinales de un Grand Slam en Roland Garros.
Después de perder en la ronda de apertura de Wimbledon, regresó a tierra batida en julio y ganó tres títulos consecutivos en tres semanas, en Stuttgart, Kitzbuhel y Sopo, ganando 15 partidos consecutivos y un total de 32 sets.
En 1996, Thomas Muster había sido el último jugador en ganar tres títulos consecutivos en las mismas semanas.
Su exitosa trayectoria esa temporada se vio truncada el 5 de agosto cuando se tuvo que retirar en la primera ronda del AMS de Montreal con una lesión en el abductor izquierdo. La semana siguiente llegó a semifinales en el AMS de Cincinnati y jugó el OPEN USA donde cayó en semifinales.
No volvió a jugar hasta mediados de octubre al resentirse de su lesión y regresó en Basilea donde se adjudicó su primer título en interior, en pista de moqueta, ante Nalbandian.
Coria cerró la temporada con un registro de 1-2 en el Masters de Houston, venciendo a Moyá y perdiendo ante el número 1, Roddick, y ante Schuettler, en ambos caso en tres sets. Tuvo un registro de 38-5 en tierra batida y una marca personal de 17-10 en pista dura.
En el 2004 el argentino terminó entre los diez mejores tenistas y se clasificó por segunda vez consecutiva para la Copa Master, consiguiendo dos títulos ATP. Tuvo que ser operado de su hombro derecho el 9 de agosto en Barcelona y se sometió a rehabilitación en España. Antes de volver en noviembre al Master de Houston, estuvo fuera de las pistas más de tres meses desde que se retiró en la primera ronda del Master de Toronto el 27 de julio debido a la lesión del hombro.
Antes de sufrir ese contratiempo, destacó al participar, por primera vez en su carrera, en la final de un Grand Slam, Roland Garros, donde cayó derrotado ante otro argentino, Gastón Gaudio, en un emocionante partido a cinco sets.
Guillermo Coria junto al número 1, Federer, y al número 2, Roddick, fueron los únicos jugadores en alcanzar finales en tierra batida, hierba y cemento en la misma temporada. En febrero jugó su primer torneo en pista de tierra batida en Buenos Aires y derrotó a Moyá en la final para conseguir de esta forma su primer título del ATP en Argentina.
Tuvo una buena actuación en el circuito de primavera de Norteamérica, llegando a semifinales en Indian Wells y a la final en Miami donde tuvo que retirarse por una dolencia en la espalda en el partido ante Roddick.
En las pistas de tierra batida del Abierto Europeo logró el título en el Masters ATP de Montecarlo con victorias consecutivas sobre Nalbandian, en cuartos, Safin, en semifinales, y Schuettler en la final.
En mayo logró su mejor marca en tierra batida con 31 partidos ganados pero fue derrotado por Federer en la final del Master ATP de Hamburgo. Llegó a París como favorito para ganar el título y solo perdió un set antes de la final donde cayó ante Gaudio por 8-6 en el quinto set. Hasta entonces había ganado 18 partidos consecutivos ante tenistas argentinos.
Dos semanas más tarde tuvo una gran actuación en Hertongenbosch ganando a Clement y Ancic pero perdió ante Llodra en su primera final en pista de hierba.
Obtuvo un registro de 22-2 en tierra batida, 12-9 en cemento y 5-3 en hierba, y consiguió una marca de 5-6 contra oponentes situados en el Top 10.
La mala suerte se ha cebado con el argentino Guillermo Coria. Las continuas lesiones que ha sufrido le han impedido mostrar el buen nivel de otras campañas, de hecho, el jugador ha pasado de estar cómodamente situado en el top 10 a finalizar la temporada en la posición 115.
No obstante, en los escasos campeonatos en los que ha logrado participar, Coria ha dado buena cuenta de su calidad consiguiendo llegar, por ejemplo, a las semifinales del torneo de Amersfoort o a los cuartos de final en el Master Series de Monte Carlo.
En los Grand Slam, el jugador argentino sólo ha podido estar presente en el Abierto de Australia - cayó en la tercera ronda frente al francés Sebastien Grosjean - y en el Open USA - siendo eliminado por el estadounidense Ryan Sweeting en el primer encuentro -. No pudo disputar, en cambio, por sus mencionados problemas físicos en el hombro, Roland Garros - cuya presencia era ininterrumpida desde 1999 - y Wimbledon.
Guillermo Coria no ha tenido apenas actividad a lo largo del año 2007 y actualmente se encuentra en la última fase de recuperación de una grave lesión en su hombro derecho. El jugador argentino se muestra confiado de volver a la alta competición la próxima campaña, aunque se muestra cauto, puesto que reconoce que le falta el ritmo de partidos. Tan sólo ha disputado un torneo en la presente campaña, concretamente en el Challenger de Belo Horizonte (Brasil).
Coria escaló hasta el número 3 de la lista ATP en el año 2004 y sueña con volver a codearse con los grandes del panorama tenístico internacional.