Su carrera profesional ha sufrido una constante progresión desde sus inicios, comenzando a ganar sus primeros torneos de la ATP en 2002 y figurando asiduamente en las diez primeras posiciones de la "Carrera de Campeones". Su mejor registro en la prestigiosa lista que evalúa a los mejores tenistas del momento data de abril de 2005, cuando logró situarse en la quinta posición.
Gaudio comenzó a forjar su larga lista de triunfos en 1998, ganando en el Challenger de Santa Cruz y Santiago de Chile. Un año después, debutó ya en un Grand Slam, Roland Garros, consiguiendo escalar hasta la tercera ronda del campeonato galo.
En 2003, el tenista bonaerense consiguió un nuevo hito en su carrera al situarse por primera vez entre los 20 primeros jugadores de la ATP.
Entre sus triunfos en campeonatos oficiales de la Asociación de Tenistas Profesionales, además del citado Roland Garros, se encuentran el Conde de Godó de Barcelona y Sevilla (España), en 2002, y, en 2005, Viña del Mar (Chile), Buenos Aires, Estoril (Portugal), Gstaad (Suiza) y Kitzbuhël (Austria).
Además, ha sido finalista en tres ocasiones en el torneo de Stuttgart en las ediciones de 2000, 2004 y 2005, pero se interpusieron en su camino Franco Squillari, Guillermo Cañas y Rafael.
En 2005, Gaudio consiguió el segundo mejor registro de victorias-derrotas del circuito internacional en tierra batida, sólo por detrás del español Rafael Nadal.
En 2006 el bonaerense acabó en el Top 25 por cuarta vez en cinco temporadas a pesar de no alcanzar una final ATP por primera vez desde 2003. Avanzó hasta dos semifinales en torneos de tierra hasta completar un balance de 20 victorias y catorce derrotas en su superficie favorita. Alcanzó por tercera vez las semifinales en el Masters Series de Montecarlo y también se quedó a las puertas de la final en Acapulco, perdiendo ante el que sería el ganador final del torneo, Luis Horna. También perdió con los vencedores finales en cuartos de Gstaad (con Gasquet) y en Kitzbuhel (contra Calleri). La mejor actuación en un Grand Slam le llegó en Roland Garros, ganando a otro antiguo campeón, Juan Carlos Ferrero, y cayendo ante el cabeza de serie número 6, el ruso Davydenko, en cuatro sets. Abrió el año con una tercera ronda en Australia (perdió con Santoro). Su mejor resultado sobre pista dura fue en el Masters de Indian Wells en marzo y en el US Open, donde perdió en un partido a cinco sets con Gicquel.
Mal año 2007 para Gastón Gaudio que finalizó fuera del top 100 por primera vez desde 1998. Aún así, consiguió un récord de 6-15 en su nivel de juego con sus mejor resultado en los cuartos de Acapulco (perdió ante Ferrero).
También ganó una ronda en el Master Series de Miami (batió a Ramírez Hidalgo y después perdió ante Stepanek); en el Masters de Montecarlo ganó a Tursunov y después perdió ante Djokovic). En el Mastes de Rome venció a Fish aunque en la siguiente ronda perdió ante Roddick). Finalmente, en Roland Garros, ganó a Gicquel y terminó perdiendo en cinco sets ante Hewitt.
Nueve de sus 15 derrotas vinieron de rivales situados en el Top 30, incluido un 0-6 ante el número 20 del mundo.
En el Challenger, consigió un 5-6 llegando a las semifinales en Todi, el pasado septiembre en Italia, perdiendo ante Galván.
Consiguió también marcas de 5-15 en tierrra batida y un 1-3 en pista dura.