Safin comenzó su andadura profesional en 1997 demostrando ya su gran clase al avanzar más de 200 posiciones en el ranking que elabora la Asociación de Tenistas Profesionales.
En esa temporada consiguió imponerse en el campeonato Challenger de Espinho. El año siguiente consiguió acabar por primera vez en el Top 50 de la ATP tras alcanzar las semifinales en el Masters Series de Indian Wells; en Roland Garros y en el US Open tuvo también una destacada actuación al llegar hasta cuarta ronda.
En 1999, y con tan sólo 19 años de edad, Marat Safin se adjudicó su primera victoria en el torneo ATP de Boston tras vencer en la final al británico Greg Rusedski. Avanzó además hasta las semifinales de la Copa Davis e idéntica ronda alcanzó en el torneo de Amsterdam.
El año 2000 fue una gran temporada para el jugador ruso al adjudicarse nada más y nada menos que siete títulos oficiales ATP, incluido el US Open - tras vencer a Pete Sampras - y el torneo AMS de París - con victoria ante Mark Philippoussis -, aunque también obtuvo victorias en el Conde de Godó de Barcelona, en Mallorca, el campeonato de Tashkent (Uzbekistán) y Saint Petersburgo.
Con tan sólo 19 años llegó a ocupar el segundo puesto de la lista de la Asociación de Tenistas Profesionales, un hito que hasta ese momento sólo había logrado Boris Becker y continuó la progresión aventajando al primer clasificado, el brasileño Gustavo Kuerten, al final de la citada campaña y coronándose como en el número uno.
En 2001, Safin bajo su nivel debido a las lesiones y sólo pudo repetir dos victorias de las conseguidas en la temporada anterior al vencer en los campeonatos de Tashkent (Uzbekistán) y Saint Petersburgo.
El tenista ruso sufrió una tendinitis en su rodilla izquierda, lo que le hizo no poder disputar muchos torneos y ser incapaz de mostrar la forma que había adquirido un año antes, no obstante pudo defender su victoria en el US Open y llegó hasta semifinales, aunque en esta ocasión Sampras se tomó la revancha y fue el norteamericano el que disputaría la final.
La temporada correspondiente al año 2002 sirvió para que, por segundo año consecutivo, Safin estuviese presente en el Top 3 de la ATP. Sus principales hitos durante esa campaña fue la disputa de la final del Abierto de Australia, que le podía haber dado su segunda victoria en Grand Slam, pero perdió ante Thomas Johansson.
Donde sí venció fue en el Masters Series de París imponiéndose al australiano Lleyton Hewitt en tres sets. 2003 no fue tan bueno, puesto que el jugador acabó fuera de los primeros 50 clasificados de la ATP por primera vez desde 1997 debido a problemas físicos en su pierna izquierda.
Sin embargo, Safin volvió con fuerza al circuito en 2004 y volvió a colocarse entre la elite del tenis mundial tras ascender hasta el cuarto puesto de la citada lista. El ruso se impuso en el torneo de Pekín y en los Masters Series de Madrid, venciendo a Nabaldian, y París, tras imponerse a Stepanek. Otro dato que habla de la recuperación de Safin de esa temporada fue finalizar como número 4 mundial en aces.
En 2005, Marat volvió a saborear la victoria en un torneo Grand Slam después de imponerse en el Abierto de Australia, consiguiendo disputar la final por tercera vez en las últimas cuatro ediciones. Su actuación en los otros dos grandes campeonatos en los que participó no fue tan afortunada, tras perder en cuarta ronda en Roland Garros y el tercera en Wimbledon.
El tenista ruso Marat Safin terminó entre los 30 mejores por séptima vez en los últimos ocho años. Aunque no ganó ningún título por segunda vez en ocho años, amplió su racha de alcanzar una final ATP cada año desde 1999. También ayudó a su equipo a llegar a la final de la Copa Davis ante Argentina al ganar partidos decisivos en la primera ronda ante Francia y en semifinales ante Estados Unidos.
No pudo defender su título de 2005 en el Open de Australia debido a una lesión en su rodilla izquierda y empezó la temporada a finales de febrero en Dubai. En el primer partido derrotó a su compatriota Davydenko, número 5 del ranking AT, para perder después ante Olivier Rochus.
En el siguiente torneo, el AMS de Indian Wells, llegó a la cuarta ronda con victorias sobre Moya y Davydenko antes de caer frente a Nieminen. En el partido de apertura de al Copa Davis ganó en cinco sets a Gasquet.
En tierra batida en Valencia, llegó a semifinales después de eliminar al número 9 Gaudio y perder ante Almagro. En los tres siguientes meses registró una marca bastante floja (5-9) antes de alcanzar las semifinales en Washington en agosto al imponerse a Blake y donde fue eliminado por Clement.
Llegó al Open USA situado en el número 104 del ranking, el puesto más bajo desde mayo de 1998 ganó al número 4 Nalbandian en la segunda ronda antes de perder ante Haas en la cuarta en un quinto set por tie-break.
En semifinales de la Copa Davis ante Estados Unidos derrotó al número 6 Roddick en la apertura. Hizo un trabajo destacado en el resto del circuito en interior al llegar a semifinales en Bangkok, cayendo ante Blake, fue subcampeón en Moscú, donde le arrebató el título Davydenko, a cuartos en el AMS de Madrid, cayendo ante Nalbandian tras derrotar al número 9 Baghdatis, y en el AMS de Paris donde perdió frente a Haas.
Participó en la final de la Copa Davis con su país frente a Argentina donde Safin consiguió la victoria en el partido decisivo, el quinto, ante José Acasuso, que le permitió a Rusia llevarse el título por 3-2. En el segundo partido Marat Safin no pudo superar a David Nalbandian. Safin también participó en el tercer partido, el de dobles junto a Tursunov, que ganaron los rusos antes Calleri y el propio Nalbandian.
Los mejores resultados del tenista ruso en 2007 fueron llegar a unas semifinales y a tres cuartos de final en 19 torneos. No consiguió meterse en ninguna final de ATP por primera vez desde 1998. Jugó en Copa Davis con su país contra Chile y Francia ganando dos de los tres partidos de individuales que disputó.
Abrió la temporada llegando a tercera ronda en el Open de Australia, donde cayó ante Roddick, derrotó a Massu y perdió con González en la Davis con victoria de Rusia sobre Chile por 3-2.
Perdió en cuartos en San José ante Becker y en semifinales de Las Vegas ante Hewitt. Este último fue su mejor resultado del año. En abril, ganó el quinto y decisivo partido contra el francés Mathieu para que Rusia entrara en semifinales de Copa Davis.
En Wimbledon fue eliminado en tercera ronda ante Federer. Durante el verano participó en el circuito sobre pista dura alcanzando los cuartos de final en Los Ángeles, donde perdió ante Lee, y Washington, derrotado por Monfils, y la segunda ronda del Open USA de la que se despidió ante Wawrinka. En dobles consiguió el segundo título ATP de su carrera en Moscú junto a Tursunov. Logró un registro de victorias y derrotas de 14-12 en pista dura, 6-6 en tierra batida y 3-2 en hierba.